我们尚不清楚大多数食道癌的确切病因。然而，某些危险因素会增加患食道癌的可能性。

科学家认为，一些危险因素，例如吸烟或饮酒，可能会损害食管内部细胞的DNA，从而导致食道癌。食管内壁的长期刺激，如反流、巴雷特食管、贲门失弛缓症、普卢默-文森综合征或吞咽碱液留下的疤痕，也可能导致DNA损伤。

癌症是由细胞内DNA的变化引起的。DNA是我们每个细胞中构成基因的化学物质，基因控制着我们细胞的功能。我们通常看起来像我们的父母，因为他们是我们DNA的来源。但DNA影响的不仅仅是我们的外表。

一些基因控制细胞生长、分裂成新细胞和死亡的时间。某些帮助细胞生长、分裂和保持活力的基因称为癌基因。帮助控制细胞分裂或导致细胞在适当时间死亡的基因称为肿瘤抑制基因。

癌症可能是由开启癌基因或关闭抑癌基因的DNA 突变引起的。这导致细胞生长失控。通常需要许多不同基因的变化才能引起食道癌。

食道癌细胞的DNA经常显示出许多不同基因的变化。然而，目前尚不清楚所有（或大多数）食道癌中是否存在特定的基因变化。

遗传基因突变

一些DNA突变可以在家庭中遗传，并且存在于一个人的所有细胞中。这些被称为遗传突变。极少数食道癌是由遗传性基因突变引起的。其中一些DNA变化及其对细胞生长的影响已被发现并正在进一步研究。例如：

食道癌的典型病（有时称为Howel-Evans综合征）是由RHBDF2基因的遗传性变化引起的。该基因发生变化的人患鳞状细胞型食道癌的风险更大。

布卢姆综合症是由BLM基因的变化引起的。BLM基因对于制造一种在细胞分裂时稳定DNA的蛋白质非常重要。如果没有这种蛋白质，DNA就会受损，从而导致癌症。患有布卢姆综合征的人患鳞状细胞食道癌以及AML、ALL和其他涉及淋巴系统的癌症的风险较高。对于这种综合症，异常基因通常是从父母双方遗传的，而不仅仅是一个。

范可尼贫血是一种罕见的综合征，涉及无法修复受损DNA的异常基因。某些FANC基因的突变可能导致许多癌症的风险增加，包括AML和食道鳞状细胞癌。   

家族性巴雷特食管是一种综合征，包括患有巴雷特食管以及食管和胃食管交界处腺癌的家族。与此相关的确切基因仍在研究中。

特殊的基因测试可以发现与这些遗传综合征相关的一些基因突变。如果您有食道癌家族史或与这些综合征相关的其他症状，您可能需要向您的医生咨询遗传咨询和基因检测。

获得性基因突变

大多数导致癌症的基因突变都是 获得性突变。它们发生在一个人的一生中，并且不会遗传给他们的孩子。

在大多数食道癌病例中，导致癌症的DNA突变是在人的一生中获得的，而不是遗传的。

某些危险因素，例如吸烟和饮酒，可能在导致这些获得性突变中发挥了作用，但到目前为止，尚不清楚导致大多数突变的原因。